皇帝、内阁、兵部和司礼监一致同意，择机驱逐敌人。

南线主帅为熊廷弼，指挥闽浙发起进攻。

之前已卸任辽东经略，加职兵部尚书，赐尚方宝剑，任闽浙督师，负责保卫沿海澎湖及宝岛，指挥两省兵马，可调动南直隶、江西的人力物力，驱逐侵犯宝岛的倭寇与红毛夷。

福建巡抚南居益、新任浙江巡抚洪承畴及两省兵马，由熊廷弼指挥。

北线为王宏宇，以南直隶、山东和天津的兵马，遥为支援、阻敌增援、断敌后路、威慑倭国、声援高丽反抗者。

英国公张维贤、直鲁总督韩浚不直接隶属王宏宇指挥，但是明确诏令配合王宏宇出力支援。登来巡抚袁可立、总兵沉有容等都归王宏宇调遣。

这次的军事行动南北两线同时发动，南线首先登陆对盘踞宝岛南部尼德兰占据的热遮拦要塞进行围困；北线首先断掉倭国大军的后路，并且截断倭国的补给线。

南线方面俞咨皋的福建水师，先保障澎湖的海上通道，运送兵力和物资于澎湖。

提起俞咨皋，首先必须介绍其父俞大遒。

俞大猷明代抗倭名将，军事家、武术家、诗人、民族英雄。

俞大猷一生几乎都在与倭寇作战，战功显赫，他所率领的“俞家军”甚至能将敌人吓退，与戚继光并称为“俞龙戚虎”，扫平了为患多年以及趁机作乱的伪倭寇。

他虽然战功累累，却经常被弹劾而遭到免官，甚至多次被他人冒领军功，但俞大猷却从来不会计较，仍旧全力打击倭寇。

在与倭寇的战斗过程中发现，倭寇虽然从海上来，但是却擅长陆战，不擅长海战。于是俞大猷招募训练一支水师，并选用福船与倭寇在海上战斗。

在战术上，俞大猷也指出，海上作战，无非是以大船打小船，以众击寡，以大铳打小铳。实战过程当中，俞大猷建立的水军与戚继光的陆军相互配合，有效的对倭寇进行了毁灭性的打击。

俞大遒还着有《兵法发微、《剑经、《洗海近事、《续武经总要等军事、武术作品，后人将俞大猷生平所作诗词等编汇成《正气堂集。