得知拓跋焘率军北征，杨安玄也没闲着，命孟龙符、岑明虎夺取代来城，彻底将赫连夏的势力逐出河套地区。

武威、西平以及秦州粮食丰收，索邈以雍公次子杨翼的名义征召兵马，拥五万余众，开始聚兵，筹划夺取酒泉、敦煌，恢复汉时疆土。

六万套棉衣运达姑臧城，杨翼向索邈请缨为先锋。索邈有些挠头，杨翼在军中与将士同甘共苦，操练从不贪懒，执行命令从不折扣，这样的将领谁不喜欢。

可是杨翼是杨安玄之子，主公让他前来西北效力，无疑是想让他建功立业，可是战场之上刀箭不长眼，万一杨翼他有个闪失自己吃罪不起。

思之再三，索邈同意杨翼率一万二千轻骑为先锋，严令他不可急躁冒进，与后军只能相距百里。同时，索邈将麾下千名骁勇营的将士分出八百给杨翼作为护卫，并再三叮嘱程昱无论如何也要保护好杨翼。

杨翼率领一万二千轻骑先至番禾城，凉军兵败后弃守番禾、骊靬。沮渠蒙逊派人给索邈送信，愿与雍军和平相处，为表诚意，情愿让出西郡。汉献帝时分张掖郡置西郡，治日勒县（今甘肃永昌县西北）。

彼时雍军刚取姑臧城，索邈考虑到民心未附，一时难以远征酒泉、敦煌，派人接收西郡后，没有继续向西。

索邈治凉州，颁令境内，召因战乱逃离的百姓返归，官府造册发放田地，并对返家百姓赈济资助，短短半年时间，光姑臧城便有五万余人重返家园。

杨安玄知道战后重建需粮需人，从秦、梁、北雍、司、雍等地征募青壮四万余人，运送粮草近百万石援助凉州，让索邈能施巧妇之手。

敦煌索氏原是凉州门阀大族，族人姻亲、门生故吏遍布凉州，得知索邈治凉州，前来拜见求官的人络绎不绝。

索邈事先请示过杨安玄，选拔了一批富有声望入仕，这些人被派往郡县为官，加上赈济的粮食到位，凉州的局势很快平稳下来。

开春时，官府供给粮种、农具，并派出农师召募百姓屯田，吸引了不少游牧百姓前来种地。待到夏粮成熟，官府仅收取三成粮食为税，种地的百姓喜获丰收，对雍军的占领拥护起来，因战乱而遭到破坏的经济，开始恢复发展。

对于游牧部落，索邈并没有强制他们改牧为垦，而是通过公平买卖、换取物资来安抚，争取让更多的游牧百姓到屯田劳作，引导他们进行农耕生产。

杨安玄在给索邈的信中指出，招收部落头人以及部落贵族子弟学习汉字，逐渐推广儒学。同时，让那些在雍军效力的部落勇士带着财富回归部落，用他们的经历招募更多的部从投军，暗中相助这些勇士成为部落的当权者甚至头人，增加他们的话语权。

凉州地处西北，交通不便，各族杂居，要安定西北便要多启商路，在商路两旁兴设商埠，再于商埠之侧建筑坞堡，保障通商安全，选用当地贤良，借助道路、商埠、坞堡将广袤的西北划分成大大小小的区域，最后将凉地牢牢控制。

索邈对杨安玄提出的设想深为佩服，主公运筹帷幄之中,决胜千里之外，真明主也。

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七月六日，葬宋武帝刘裕于初宁陵（今南京城东麒麟门外的麒麟镇），庙号高祖。