由于唐朝人对民主集中制根本没有什么概念，所以，左少阳原先料想的委员会制度没办法实施，都不知道怎么开展工作，最后，还是搞成了成了会长负责制。也就是由左少阳负责全面工作，负责重大决定的批准，马周协助并负责基金会的日常事务工作，三个帐房负责记账和财物管理，杜敬负责监督。

商量之后，决定第一步先在京城建立三个义诊医馆，杜淹在京城南部平民区本来就有三个医馆，直接拿过来就可以用，另外，杜淹还有两个药行，分别在东市和西市，也全部作为下一步供应药材的基地保留了。

杜淹在京城还有几家米行和仓库，也全部保留，用来存储和变卖粮食。

在医馆的取名上出了一点小麻烦，左少阳让大家出主意，因为各地要设立分馆，所以京城总部的叫某医馆总馆，各地的以州县命名，叫某医馆某州（县）分馆，这个没问题，但是，具体医馆该叫什么名字，众说不一，马周提出叫“黎民医馆”，侯普说就叫“百姓医馆”，杜敬说叫“白丁医馆”；因为老百姓都戴黑色头巾，所以吉算子建议叫“黔首医馆”；杜帐房更是直截了当，建议叫“草民医馆”。

左少阳觉得都不好，突然想起文革的时候乡村医生的称呼“赤脚医生”，灵机一动，道：“干脆就叫‘赤脚医馆’好了，咱们将来不仅要在城里坐着等贫穷百姓上门求医，还要走村串寨到田间地头去给老百姓送医送药！突出一点，那就是用脚底板走路，服务老百姓！”

虽然马周等文人觉得有些土，但是，本来就是服务百姓的，百姓能看得懂就行，而且这样个亲切，比白丁、草民之类的带有一些轻贱的称呼要强得多。所以，都赞成用这个名字。杜敬和杜帐房虽然觉得太直白太土气，但也没有提出异议，因为这个称呼是会长提出的，不好多说什么。

名称定下来了，京城的总部叫做“赤脚医馆总馆”，其余两个分属东西的医馆叫“赤脚医馆东南分馆”和“赤脚医馆西南分馆”。将来各地州县设立的，也以此命名，比如合州的就叫“赤脚医馆合州分馆”等等，而专门负责药材供应的就叫“赤脚医馆东市药行”之类的。

接着任命三个医馆的掌柜，总馆掌柜由医举榜眼邱一壶担任。邱一壶当了个散官，闲居在家，已经联系他了，他愿意到基金会做事。

另外两个医馆的掌柜，经过与孙思邈和许胤宗商议，分别聘请孙思邈的两个徒弟守志子和许胤宗的徒弟卢林担任。这两人也是京城名医，一直在孙思邈和许胤宗的医馆坐堂，不仅医术高明，而且为人稳重，沉着老练，通达事故。

东市西市两个药行，还有几家米行的掌柜，则全部撤换，由祝药柜推荐的两个人选，以及瞿老爷子推荐的人选担任，都是多年从事药材和粮食生意的老行家，是信得过的人。

商定之后，许胤宗建议，杜淹拿出这么一大笔巨额资金办这个济民的医馆，现在他不当官了，能否也给他一个职务。

左少阳表示，如果他辞官成功，不当官了，就任命他为名誉会长，对外代表医馆从事一些协调各地衙门，接待来访等礼仪工作。

可是，事与愿违，随后几天里，传来的消息却是，杜淹的辞职被皇上否决了，皇上只让他安心养病，不同意他的辞职。

当杜寅一脸惶恐地将这个消息报告左少阳，并一再发誓说父亲杜淹绝对是真心诚意请辞，只是皇上坚决不许，所以父亲实在没办法。还请左少阳谅解。

左少阳已经预料到了这个结果，请孙思邈进行核实，回来告诉左少阳，的确是这样，杜淹的确打了一份长长的辞职奏折，但是皇上没有批准。至于其中杜淹是否搞鬼了，不得而知。不过孙思邈问了皇上，皇上的确表示国家社稷还需要杜淹出力，现在还不能让他退隐。看来至少皇上那里表面上是不让杜淹辞职的。

左少阳又请孙思邈去大理寺打听一下杜淹案件的进展，反馈的消息是进展缓慢，截至目前，还没有发现杜淹指使他人谋害牛把式和甄权的确凿证据。