首先，长江沿岸禁止航行，片板不得入江，所有从船只集中当地州县码头，由军队统一管理，所有损失由当地衙门出资补助。

各地路口更是贴满了横幅，上书：南下逃难莫乱跑，服从安排管吃好，坚决打赢防疫战，天佑大明渡难关！

在上级官员的逐级严令下，江南各地贴出了禁止走亲访友的告示，有些地方的宣传口号颇为奇特，上书：今年上门，明年上坟！

有的地方，村口写着：此路禁行，外来人员私自进村等于屠我村庄！入者，人必残！

还有的地方，当地甲长面带口罩，手持青龙偃月刀守在村口，禁止任何外来人员进村，如有触及，毫不手软……

四月中，疫情得到控制，但仍在一定范围内扩散，究其原因，便是感染之人死去的尸体通过蝇虫传播病毒。

为此，朱慈烺专门召开了朝会，讨论过这个问题。

在他的示意下，在南京城汇报工作的两广总督杨士聪，在朝会上提议火化这些尸身，控制疫情传播。

没有意外，杨士聪遭到了群臣的抵制辱骂，在当时，火化相当于挫骨扬灰，谁愿意将自己的亲人烧成灰？这简直就是大逆不道！

“死者为大，入土为安，杨士聪你枉读圣贤书，竟想出如此违伦理道德之事，真是我辈读书人的耻辱！”

“对，其言可诛！”

面对群臣呵斥辱骂，杨士聪硬着头皮道：“鼠疫横行，此间威力大家也看到了！严重性已经超越了孝道，当以大道之法，让附身瘟疫回归天地！”

朝会争吵热烈，朱慈烺即时终止，就此作罢。

第二日，杨士聪坐船自海上反还广东，一回到广东，他立即下令收集感染鼠疫而亡的疫尸千具，并将之集中在城外焚烧火化。

闻讯的江南文人口诛笔伐，民情亦是汹汹，纷纷指责杨士聪丧尽天良，请奏太子将之诛杀，以平民愤！

在漫天的奏本中，朱慈烺强行按下此事，并拖延了一个多月，最终功夫不负有心人，两广之地的疫情得到大大的缓解，死亡人数急速下降，感染之人也越来越少。