当时在山东、河北担任东郡太守的曹操，治下有二十城，是秦取魏国而命名的治郡。曹操此时族下的兵力仅得二万人，是十八路诸侯中较弱的一位。

挟持汉献帝，自任大将军的李催，闻讯与郭汜商量，郭汜道：“黄巾乱于山东，我们鞭长莫及，若要破贼，便非得东郡大守曹操出兵讨伐不可也。”

李催道：“曹操曾为讨伐董卓盟军发起人，他如何肯听我们令旨？”

郭汜笑道：“如今天子在我们手上，你难道忘了‘挟天子以令诸侯’的典故吗？”

李催猛烈醒悟，喜道：“如此甚妙！我这就要献帝颁诏，令曹操讨伐黄巾便是。”

不一日，汉廷朝使果然来到东郡，向曹操下达献帝诏书，令曹操出兵讨伐山东黄巾乱军，同时亦令济北郡相鲍信领军会同讨贼。

曹操接阅献帝诏书，便欣然领旨，把汉使打发走了。曹操的兄弟曹仁道：“此乃窃国之贼李催、郭汜二人之奸计，欲借黄巾之手，杀灭诸侯之力也，兄长怎可轻易接旨行事？”

曹操大笑道：“他们欲借刀杀人，令我与黄巾斗个两败俱伤之计，我岂不知？但我亦深知目下大势，如逆境行舟，不进则退。因此我决意借此奉旨进军良机，名正言顺，趁机扩大我的实力。”

曹仁一听，这才醒悟，叹道：“兄长高见，真乃乱世之英雄也。”

曹操毫不犹豫，当即统兵二万，由兄弟曹洪留守东郡，自己亲率曹仁、夏侯渊、诸亲将，趁衮州刺史刘岱战死之机，挥军进驻衮州郡。不一日，济北郡相鲍信，亦领军一万五千，前来助阵。曹操大喜，盛情招待鲍信。

曹操联同鲍信，统军三万五千，向黄巾军发动攻击。黄巾军兵力强大，号称百万，实际兵力亦达五十万。强弱十分悬殊，曹操屡战屡败，但依然屡败屡战。几经艰苦拼战，才把反攻的黄巾军一部击败。但济北郡相鲍信，原为十八路诸侯之一，却于是役战死了。

曹操为鲍信举行盛大下葬仪式，哀恸哭祭，令鲍信的部属十分感佩，于是转归曹操的旗下。是役黄巾军亦有数万降兵归降曹操，曹操一概加以善待，绝不虏杀，收编入曹军，与原来旧部一视同仁。于是甚得黄巾军降兵感激，传闻出去，黄巾军的军心开始动摇了。

曹操见军心因哀而大振，深知军心士气可用，便趁机统领新编的十万大军，向山东西南部的黄巾军重镇青州发动进攻。

青州的黄巾军不敌曹操的哀兵，大败溃散，因曹军中有大半是原黄巾军将士，曹操善待降兵的仁义已传遍山东一带，因此黄巾军有大半兵力，归降曹操，为数竟达三十万之众。

曹操对降兵一律善待，老弱者发路费让其回乡度日，精壮者则收编入曹军各营，为数亦达二十多万。曹操令曹仁、夏侯渊二将任督训大将，训练原青州黄巾降兵，顿成一支训练有素、能征善战的雄师，号为“青州兵”。青州兵感佩曹操的仁善，对曹操十分忠心，遂成曹操逐鹿中原、争霸天下最有力的精兵。

曹操于衮州又招贤纳士，不久有叔侄二人来投，为叔者姓荀名彧，原为袁绍幕僚，不被重用，便改投曹操。其侄名攸，曾官拜黄门侍郎，亦为海内名士。曹操与叔侄二人论计，甚为投契，不由大悦，喜道：“令叔侄二人，皆为我之张子房啊！”立刻将二人纳入帅营，封荀彧为行军司马，荀攸为正行军教授，共同为曹操出谋策划。

荀彧感激曹操的知遇之恩，又向曹操举荐了一位足智多谋之士，姓郭名嘉。曹操大喜，亲赴郭嘉府上拜求。郭嘉感曹操之盛情，答应出山为曹操效力，曹操封郭嘉为行军参赞。