《忍者少女》讲述的是一个发生在距离忍者活跃的时代已经过去很久的世界的故事。

名叫‘樱’的女孩儿本来是个随处可见的普通女孩儿。

除了比其他人更阳光乐观一些外，并没有什么可以特别拿出来单独说的优点。

在她生活的时代中，忍者已经是几百年前的传说了。

大家都过着普通的日子。

然后某天樱放学的路上，突然有什么东西从天而降，一下子砸破了她前方的地面。

樱靠近去看，发现竟然是一只极为漂亮的鸟。

只可惜它现在满身都是伤，那艳丽的羽毛也变得狼狈暗淡了。

再这样下去，它会死的。

这样担心的樱跳了下去，她脱下外衣包住了受了伤的漂亮鸟儿，准备带它去医院。

谁知才爬出坑洞，就遭到了攻击。

“危险！”

来自违背人们常识站在半空中的人的攻击瞬间击中了樱。

虽然重伤的鸟儿及时挡下了攻击，但攻击造成的冲击还是把樱和鸟儿一同吹飞了出去。

关键时刻，为了救下鸟儿，也为了自己能活命。

樱和鸟儿签订契约。

获得了名为‘天空之匙’的神器，通过神器的力量变身成忍者少女，临时击退了

来袭的敌人。

在这之后，樱也从鸟儿口中得知了事情的前因后果。

首先是那只漂亮的鸟。

它是古代神树的守护兽，而攻击它的，是妄图得到神树力量统一世界的□□。

他们垂涎着神树中的力量，渴望用它颠覆世界。

而神兽，自古就是守护神树的最后防线。

过去他们同忍者签订契约，通过赋予忍者神树的力量来跟他们对抗。

五百年前神兽们和搭档一起拼尽一切力量将这些恶徒全部封印了起来。神兽也因此耗尽了力量陷入了沉睡。