首先是调兵遣将，他将天下的精兵强将，大半都调到了九边前线，陕西那边文有王崇古和陈其学，武有刘显、李锡、姜应熊等；宣大那边文有谭纶和方逢时，武有马芳、尹凤、赵苛、麻贵等，蓟辽那边，文有曹邦辅和张学颜、武有戚继光、李成梁、卢镗、汤克宽等人，绝对是帅才云集、将星荟萃，乃永乐以后所未见。

同时，他也十分注意倾听边帅边将们的声音。执掌兵部不久，蓟辽总督的曹邦辅建议，要在蓟镇前线修建敌台，也就是碉堡，每一里一个。台内驻扎兵卒，平时负责了望，战时可以出击……蓟镇是京师的门户，蓟镇防线被突破，京畿就袒露无余。当时举朝都在痛定思痛，想要避免京师年年响警钟的局面，曹邦辅的提议正是为了加强蓟镇防线。

虽然曹邦辅一直和沈默不太对付，然而接到他的奏疏，沈默立即回复道：‘昨天看到你的建议疏奏，这的确是个‘设险守要’的好办法。兵部马上就可以批复了。但你说一个敌台需要五十名士兵，那么一千里就需要五万人。不知这五万人是让原来镇守的兵充当呢，还是用客兵。要是用原来的兵的话，那么城里的防务就得交给客兵，会不会引起矛盾？’又问道：‘看了你所附的敌台样式，周长才一丈二，虽然说的是收顶之式，但我揣测基础也不过比这大一倍多而已，这么小的地方，这么多人怎么周旋得开？还有士兵的衣、粮、柴、水之物充塞其间，不是太狭窄了吗？如方便的话还请给予解答。’

当曹邦辅给出了恰当的解决方案后，他便立刻拍板接受，并亲自督办，用了一年时间，便修好了全部的敌台，并派兵进驻，在京畿之前筑起了一道严密的防线。这正是这条防线，挡住了俺答进犯的铁蹄，使京城第一次整年未闻警讯。

这件事，也使曹邦辅对沈默有了全新的认识，不再像以往那样抵触了。

沈默对边防的关注是全方位的，那些以往的大臣不会关注的地方，他都给予高度重视。比如当他得知，榆林的军粮，要求士兵到一二百里之外去支取时，就写信给王崇古道：‘我听说士兵一户数口之家，就依靠每月一石粮食活命，不仅发放得不及时，且斤两还不足。同时又要他们到数百里之外去等候领取，往返道路，雇人雇车，这钱是谁出？况且近来又有一些摊派，都在这粮食里出，这么干，想让士兵吃饱、为国家折冲御侮，那能成吗？我查阅典籍，发现过去各区驻地都有官仓，命人前去查看，得知仓库如今虽然有损坏，但制度还在，官员也还在。能否修理一下，就近发军粮呢？此事你也不必上疏了，直接和管粮郎中商量个办法就是了。’

沈默就是这样，对下面有报告上来，不是简单批一个‘同意’、‘不同意’就算，而是举一反三，穷究根底，心细如同老农一般，且当曰事当曰毕，绝对不会拖延延误。内阁大臣尚且如此认真细致，那些与他打交道的总督，又岂敢有一丝懈怠？

当然，这也跟沈默赏罚分明有关，对于有功将帅，他从不吝惜赏赐，总是不遗余力的为其争取恩赏。他不计旧怨，提拔任用曹邦辅、王崇古，又不遗余力的为边关文武提高地位。而对于犯错误的官员，处罚同样严厉，哪怕是总督也一样……宣大总督霍冀，面对俺答畏缩且战，并处罚主动求战马芳、尹凤等人，沈默得知后，据理斥责，给予出发，并将其调离前线，由谭纶以兵部侍郎接任。

谈到赏罚之事，他不止一次的对几位总督道：‘世间一种幸灾乐祸之人，妒人有功，阻人成事。’要求他们避免嫉贤妒能，齐心协力，团结一致的把边防搞好。

就是在这样的呕心沥血和坦荡胸怀之下，沈默终于使各路将帅归心，以他的马首是瞻。他时刻不忘边防安危，各防区自然也时刻砺兵秣马，严阵以待，让俺答和土蛮讨不到好了。

既有名将镇守，又有良臣谋划调度，至隆庆三年，明虏之间的遭遇战，明军已是屡有斩获了……强弱之间的态势，正在悄悄转换。

受挫之下，不甘颜面扫地的俺答，决心集中力量，对宣府一地实行‘重点打击’，依其属下汉歼萧芹的献策，俺答仔细筹谋，命其子辛爱率所部佯攻蔚州，待明军中计出击后，再派精锐骑兵乘虚攻击宣府，企图重演嘉靖四十二年闪击宣府的好戏。

然而有了谭纶坐镇，明军这次没有上当，当俺答率领重兵闪击至宣府后，不但见宣府重镇已经严阵以待，更是挖好了壕沟，安好了拒马，组成一道遏制蒙古骑兵突击的防线。知道不能得逞，俺答立刻识趣地拔马北返。马芳却不罢休，立刻率领部队尾随追杀二百里，终于在长水海大破俺答汗的主力。

吃了亏的俺答哪肯作罢，马芳前脚刚班师，他后脚就立刻集结重兵，杀气腾腾的再次奔来。俺答兵锋逼近时，马芳部尚在吃饭，闻讯时马芳当即掷碗碟于地，对众将大呼：‘且随我夺虏食！’，立刻率兵出战，在鞍子山与俺答军硬碰硬血战，一场迎头痛击再次打得俺答狼狈北逃。