吴三桂是祖大寿的外甥。吴的父亲吴襄曾做宁远总兵，和祖大寿是关辽军中同袍，都是袁崇焕的部属。当明清之际，汉人的统兵大将十之七八是关辽一系的部队。吴三桂、孔有德、耿仲明、尚可喜、左良玉、曹文诏、曹变蛟、黄得功、刘泽清等都是。这些人有的投降满清，有的为明朝战死，都是极有将才之人，麾下都是悍卒健士。袁崇焕若是不死而统率这一批精兵猛将，军事局面当然完全不同了。吴三桂如是袁崇焕的部将，最多不过是“抱头痛哭为红颜”而已，根本没有机会让他“冲冠一怒”，为了陈圆圆而引清兵入关。
袁崇焕无罪被杀，对于明朝整个军队士气打击非常沉重。从那时开始，明朝才有整个部队向满清投降的事。更有人带了西洋大炮过去，满清开始自行铸炮。辽东将士都说：“袁督师这样忠勇，还不能免，我们在这里又干甚么？”降清的将士写信给明将，总是指责明朝昏君奸臣陷害忠良。袁崇焕不是高瞻百世的哲人，不是精明能干的政治家，甚至以严格的军事观点来看，他也不是韩信、岳飞、徐达那样善于用兵的大军事家。他行事操切，性格中有重大缺点，然而他凭着永不衰竭的热诚，一往无前的豪情，激励了所有的将士，将他的英雄气概带到了每一个部属身上。他是一团熊熊烈火，把部属身上的血都烧热了，将一群萎靡不振的残兵败将，烧炼成了一支死战不屈的精锐之师。他的知己程本直称他是“痴心人”，是“
泼胆汉”，全国惟一肯担当责任的好汉。袁崇焕却自称是大明国里的一个亡命徒。亡命徒是没有家庭幸福的，日日夜夜不得平安。官居一品，过的却是亡命徒生涯，只因这十年之中，他生命之火在不断的猛烈燃烧。司马迁在《留侯世家》中说，本来以为张良的相貌一定魁梧奇伟，但见到他的图形，容貌却如美女一般。我们看到袁崇焕的遗像时，恐怕也会有这样的感觉。图像中的袁崇焕虽不怎样俊美，但洵洵儒雅，很难想像这样的一个人竟会如此刚强侠烈。
1钱家修《白冤疏》：“嗟嗟！锦衣何地？奸细何人？竟袖手而七人竟走耶？抑七人俱有翼而能上飞耶？总欲杀一崇焕，故不惜互为陷阱。”其中又说：“方天启年间，诸阳失卫，山海孤寒。当此时谁能生死忘心，身家不顾？独崇焕以八闽小吏，报效而东，履历风霜，备尝险阻，上无父母，下乏妻孥，夜静胡笳，征人泪落。焕独何心，亦堪此哉？毋亦君父之难，有不得不然者耳。”崇祯批答：“批览卿奏，具见忠爱。袁崇焕鞫问明白，即着前去边塞立功，另议擢用。”
2袁崇焕下狱后，毛文龙的朋友乘机要求为毛翻案，请求赐抚恤。崇祯不准，说毛之死是“罪有应得”，不准以袁崇焕为借口而翻案。见程本直：《漩声》。
3程本直《白冤疏》中说：“总之，崇焕恃恩太过，任事太烦，而抱心太热，平日任劳任怨，既所不辞，今日来谤来疑，宜其自龋独念崇焕就执，将士惊惶，彻夜号啼，莫知所处，而城头炮石，乱打多兵，骂詈之言，骇人听闻，遂以万余精锐，一溃而散。”最后说：“
臣于崇焕，门生也。生平意气豪杰相许。崇焕冤死，义不独生。伏乞皇上骈收臣于狱，俾与崇焕骈斩于市。崇焕为封疆社稷臣，不失忠。臣为义气纲常士，不失义。臣与崇焕虽蒙冤地下，含笑有余荣矣。”
4朝廷抄袁崇焕的家，家里穷得很，没有丝毫多余的财产。他在辽西的家属充军到浙江，后来改充军到贵州，在广东东莞的充军到福建。《明史》说袁崇焕没有子孙。近人叶恭绰则说：“袁后裔不知以何缘入黑龙江汉军旗籍。”当时满清掳掠大量汉人至辽东为奴，我猜想袁崇焕的子孙多半是给满清掳掠了去，到黑龙江苦寒之地作农奴，因而编入汉军旗籍。袁崇焕的冤狱，到清朝乾隆年间方才得以真相大白。《明史》完成于乾隆四年七月，其中《袁崇焕传》中，根据清方的档案纪录，直言皇太极如何用反间计的经过。乾隆皇帝隔了几十年，才读到《明史》中关于袁崇焕的记载，对袁的遭遇很是同情，下旨查察袁崇焕有无子孙，结果查到只有旁系的远房子孙，乾隆便封了他们一些小官，那已是乾隆四十八年的事了。
5见《明季北略》。
6清人所修的《明史·袁崇焕传》说：“遂磔崇焕于市……天下冤之。”朝鲜《仁祖实录》八年二月丁丑载：朝鲜的使者朴兰英到沈阳，满清的王公当着他面互相“耳语”，说袁经略果然和我们同心，只可惜事情败露而被逮捕。这样的国家机密，怎会当着外国使臣的面而互相耳语，故意让他听到？朴兰英明白他们的用意，只不过想借他而传言到明朝去，以便尽快杀了袁崇焕，所以他在给朝鲜国王的奏章中说：“此必行间之言也。”直到一百年之后，朝鲜的君臣们在讨论明朝覆亡的原因时，还说主要原因是杀袁崇焕（见朝鲜《英宗实录》六年十一月辛未，即雍正八年，公元一七三○年）。
7民国五年，东莞人张伯桢的儿子死了，他佩服袁崇焕，将儿子葬在袁墓的旁边。
当时看守袁墓的仍是佘氏子孙，叫做余淇。张伯桢为袁崇焕的义仆也立了碑。
8杨士聪《五堂荟记》卷二：“袁既被执，辽东兵溃数多，皆言：‘以督师之忠，尚不能自免，我辈在此何为？’……封疆之事，自此不可问矣。”《明史·袁崇焕传》：“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”
9《明清史料》丙编，辽将自称“在此立功何用”，故“北去胡”而投降满清，其中有人致书旅顺明将：“南朝主昏臣奸，陷害忠良。”程本直《漩声》：“掀翻两直隶，踏遍一十三省，求其浑身担荷、彻里承当如袁公者，正恐不可再得也。此所以袁公值得程本直一死也。”程本直《漩声》中引袁崇焕的话说：“子何人哉？十年以来，父母不得以为子，妻孥不得以为夫，手足不得以为兄弟，交游不得以为朋友，予何人哉？直谓之曰：‘大明国里一亡命之徒也’可也。”