任命工部侍郎陈天华兼崇明自治区总督，总督衙门设在崇明岛。

崇明自治区完全按西洋行政制度设立衙门和属衙，总督以下设立区行政管理委员会，行政长官为从四品，由煤广自治区的副主任郑坤调任。

两位行政副长官，分别由茅新和原崇明知县郑道明担任，五品官衔。

行政管理委员会下辖各职能局，农业，水利，渔业…等。

行政区域全部规划为镇、村，取消县制，实行扁平化垂直管理。

郑道明从七品一下子提升到五品衔，跟太仓知府大人是同一级别，当然高兴得屁颠屁颠紧跟在总督大人身后，感恩戴德。

崇明自治区总督衙门就设在崔明义送给许云媛庄园的前面，总称为总督府。

总督府前半部分属于新型建筑，几幢三层办公楼，包括大礼堂，大小议事厅，宴会厅等，当然还有各属衙，后半部分就是原来的庄园。

这个庄园很大，陈天华只保留一幢大的三层别墅，供他和许云媛使用外，其余的都分配给了郑坤，茅新等外来官员的栖息地，住宅。

一切都那么的顺利成章，唯一跟煤广自治区不同的是，这里的驻军权不归陈天华，除了总督衙门的一个直属警卫连队，其余的都归那赞的水师提督衙门节制。

煤广自治区之所以陈天华拥有军队节制权，那是因在浙江省辖区，李存智是浙省提督，这种关系就非常特殊了。

可崇明可大不一样，行政区域管辖权与驻军权是两码事，那赞属新成立的大清国海军部节制，而海军部是首席军机大臣载沣直辖。

不过陈天华何其聪明，他跟总理衙门把地方治安的警察，缉私，典狱等司法权归于自己掌控，尤其是巡警和缉私署，武器装备配置精良，这跟那赞的水师，大有分庭抗礼之趋势。

接下来就是崇明自治区内部治理与经济建设，全部禁止烟馆，捣毁阿片种植和加工基地，开垦淡水田地，扩大渔场，加强海盐加工作业的工艺流程，兴修水利等。

崇明东临大海，是个天然盐场，最早的原居民都煮盐自给，后来官府设置盐场，派定盐田盐灶盐课，允许居民自给而外，可交盐场收购，销往江苏、安徽、江西等地。