突然出现的胖丁让自爆磁怪的攻击偏离方向打中的旁边的岩壁，一阵爆炸后，一个遗迹就此显露了出来。

陈洛这才想起来，按照剧情发展，这里会出现一个遗迹，这个遗迹是一个传说中的神奇宝贝文明，说是文明，其实也就是个小城市而已，他们将神奇宝贝们当做超自然的力量，加以崇拜，不过由于巨大神奇宝贝的战斗而被毁灭了，只留下了这个遗迹。

突然，在岩石碎片之中，小刚发现了什，走过去拿起来一看，是一个金色的眼睛，“住手！”突然一个身穿白袍的研究人员出现了，一把抢过小刚手里的金色之眼。

“你是谁啊？怎么乱抢别人的东西？”他的举动自然引起了小刚的不满，那人这才做了自我介绍，原来他叫做怀特博士，是一个考古学家，他是在山上考古的考古团队的一员，正在考古神奇宝贝的文明，还为小智他们介绍了这个神奇宝贝遗迹的由来。

由于考古团队的介入，在金色之眼被发现后不久，在铜器的后面一个金色的勺子也被发现了，怀特博士说道：“两件器物之间有着微妙的关系，当两件器物相会时会产生不可思议的反应，所以必须妥善保管。”

除了两个器物外，还发现了无名熊和可达鸭的泥偶，都被考古团队收了起来，知道剧情的陈洛也没有提醒他们，一切由他们去吧，不过巨大神奇宝贝们还是可以见识一下的，所以他带着娜姿在不远处搭起帐篷住了下来。

忙碌了一天，众人早早进入了梦乡，深夜，躲藏在一旁的火箭队三人组自然不会放过这个所谓的神奇宝贝遗迹，派阿柏怪潜入地底看看还有没有什么宝贝。

不一会儿，阿柏怪出来了，还带着三个黑色圆球，“这是什么？看上去很普通的样子！”小次郎说着拿起黑色圆球敲了敲，突然，黑色的球将他们收入其中，连惨叫都来不及发出。

第二天早上，一个考古人员发现了掉在一旁的黑色圆球，他小心翼翼的将其捡了起来，突然，黑光大作，连带着周围的人都被吸入其中，一只巨大的耿鬼从中飞出，被困了千年之久的它，对着周围一通发泄，然后准备下山。

这声响自然吵醒了众人，小智害怕山下的真新镇遭到毁灭而奋力的反击，不过自然没什么用，而陈洛则是老神在在的在一旁看戏，感叹着耿鬼的巨大体型。

此时房间里的金色之眼和金色的勺子也都起了反应，两件器物合为一体，旁边岩壁突然炸开，出现了另外一个遗迹，巨大的胡地也从里面出现了，两只巨大的古代宝可梦开始争斗。原来古代的时候，就是这两只宝可梦毁灭了古代宝可梦文明。

这时，小胖丁赶到，小智三人一喜，本以为靠胖丁的歌声可以成功催眠两只巨大宝可梦，但是还是没成功，不过它的歌声引起了铜器的反应，从里面出来了一只巨大的胖丁，它的歌声成功地使巨大宝可梦们都沉睡了，小智他们也不例外，不过陈洛和娜姿在娜姿超能力的包裹下并没有睡着，躲在一旁目睹了全过程。

巨大胖丁再次将巨大耿鬼和巨大胡地封印了起来，深埋地下，然后自己也回到了铜器内沉睡了起来。

到这里，神奇宝贝遗迹的剧情完美结束，陈洛走过去叫醒小智三人，带着他们换个地方继续一天的辛苦修炼。