传说，布拉格的创建者是莉布丝公主和她丈夫、农夫培密索尔，并以培密索尔的名字命名，建立了霍什米索王朝(P?emyslid)。

又传说公主在她位于中波希米亚的莉布新(Libusin)城堡中有许多预言，其中一个预言到了布拉格的荣耀。

——《我看见它在在森林中伏尔塔瓦河畔陡峭的悬崖之上，那里有一个男人，正在为房屋凿出门槛(prah)，且在那里要建起一座名叫布拉格(Praha)的城堡。

王子和公爵们都要在门槛前弯腰，要向城堡和环绕它的城市低头。从而得到尊敬，得到人所共知的荣誉，整个世界都要赞美它》。

无论这个传说是真是假，布拉格确实是以9世纪在伏尔塔瓦河右岸居高临下建造的高堡(Vy?ehrad)为核心，而逐渐形成的。

后来在河对岸建造了另一座城堡，就是今天的布拉格城堡。

14世纪，布拉格在神圣罗马帝国卢森堡王朝的查理四世统治下达到鼎盛时期。

查理四世是捷克公主和卢森堡的约翰的长子，于1316年出生在布拉格，1346年当他父亲去世时成为波希米亚国王。由于他的争取，布拉格教区在1344年升格为总教区。

1355年，查理在罗马加冕，成为神圣罗马帝国皇帝。布拉格成为神圣罗马帝国的京城。

查理希望布拉格成为世界上最美丽的城市之一。

他将布拉格建成帝国境内最为辉煌的城市。而位于该市最为显赫的建筑就是圣维特主教座堂。在中欧首先采用了宏伟的哥特式，室内装饰采用了独立的艺术风格，称为波希米亚学派。

1348年4月7日，他建立了中欧、北欧和东欧的第一所大学。今天称为查理大学，是捷克最古老的大学，也曾是德国第一所大学。

同年，他还在老城的旁边建立了布拉格新城(Nove Město)，并在新城和小城之间架起了查理大桥。

他还新建了许多教堂。

当时，布拉格是欧洲的第三大城市，拥有一个造币厂，德国和意大利的商人和银行家聚集于此。

1402年起，查理大学的神学教授胡斯在伯利恒小教堂用捷克语布道，让平信徒与神职人员同领圣体和圣血，而被教庭裁定为异端，1415年7月6日在康斯坦茨处以火刑。

4年以后，布拉格发生第一次掷出窗外事件，引发了胡斯战争。

自1526年起，波希米亚开始处于哈布斯堡王朝的统治之下。

鲁道夫二世在位时(1576-1612年)，再次将神圣罗马帝国的首都设在布拉格。

他除了热衷于占星术和魔法，同时也热爱艺术，使得布拉格成为欧洲的文化之都，聚集了开普勒等一批天文学家、画家。

1617年，天主教徒，皇帝斐迪南二世登基，决意不再容忍新教徒。

1618年，布拉格再次发生掷出窗外事件，引发了三十年战争。

1621年在城外不远处进行的白山战役中，捷克军队战败，27名新教徒贵族在老城广场被处死。

1648年，瑞典军队攻占并洗劫了布拉格，神圣罗马帝国皇帝将宫廷迁往维也纳，此后布拉格进入一段萧条时期，城市人口也从战前的6万下降到2万。

1689年的一场大火烧毁了布拉格，随后该市得以重建。

在18世纪，该市经济持续上升，到1771年拥有8万居民，其中有许多是贵族和富裕的商人，在城内兴建了许多宫殿、教堂和花园。它们普遍采用装饰华丽的巴洛克风格，在全世界赢得了声誉。

1784年，原来的四个自治镇--城堡区(Hrad?any，位于城堡西面和北面)、小城(Mala Strana，位于城堡南边)、老城(Stare Město，亦位于城堡东边，与城堡区隔河相对)和新城(Nove Město，位于东南方)，正式合并为一个城市。

1806年，根据拿破仑的命令，神圣罗马帝国解散了，皇帝弗兰西斯二世放弃神圣罗马皇帝称号，改称奥地利皇帝弗兰西斯一世。

1848年革命震撼了整个欧洲，同样也震撼了布拉格，但被猛烈的镇压。