然而就在这个隆冬的时节，萨迦派内部爆发了贡嘎桑布之乱。新任萨迦本钦和帝师有隙，企图自立。而止贡派又舔新乱，他们企图引伊尔汗国兵进入吐蕃特。八思巴独坐大都，如身陷火宅，为平息前后乌斯藏之乱，他不得不返回自己出生的地方。

平乱是血腥而暴虐的。忠于八思巴的萨迦寺僧兵，包围了本钦贡嘎桑布的田庄，将背叛者拖出来乱刃分尸。然后一把火焚毁了本钦的庄园。而驻守在四川与吐蕃特交界之地的元朝朵斯麻万户府，在八思巴任命的新任本钦阿迦伦带领下，调兵七万杀入止贡寺，止贡寺毁于大火，被杀僧俗人等多达万余。止贡寺法座多吉意希带着仅十一岁的止贡居尼仁波切多吉仁钦逃到工布的绒波地方后，就不知所踪。而止贡寺苦盼的伊尔汗国援兵，则被一场传说中罕见的大暴雪，埋葬在阿里以西一个不知名的高地上。

也许，这援兵从来就没有出发过。旭烈兀和俺巴海相继死去，阿鲁浑继位后，波斯佛教最后的火焰熄灭了。

平息叛乱后的八思巴为安抚诸噶举派的僧俗，决心往羊卓雍错湖朝圣，并拜访桑顶寺香巴噶举女活佛桑顶.多吉帕姆.曲吉卓美。历代桑顶.多吉帕姆被认为是产生了诸佛的大佛母金刚亥母的化身。

桑顶寺，位于山南亚卓村羊卓雍错湖西南的山顶上。是香巴噶举的祖寺，由香巴噶举派初祖琼波南交的后辈兴建。是传说中的空行母们的聚集地。汉语意为“如愿法台”。曲吉卓美是桑顶寺第一任堪布，驻锡此地。寺中供奉着羊卓万户长出资修造的博东.乔列南杰像和唐东杰布赐奉的蛇心檀香木瑜伽母像。这个以贡塘公主为始的世系，是乌斯藏最著名的尼僧转世传承。

曲吉卓美是阿里积德尼玛贡王的公主。父名赤拉旺坚参，母名多德杰姆。她在布东巴.巧莱朗杰膝下削发为尼，起法名为贡却杰姆。根据传说，她是被一个鼻子上带有海螺环的黑面神幻人引荐给喇嘛仁松贡布的，然后她在仁松贡布的寺院里说法六年。此后她又去往中部地区并在那里受到国王扎巴坚参的供养与礼赞。国王把收藏于其宝库中的卡卓益西措杰的头发、玉石耳环及其他装饰物品都拿出来给她，并说道：“现在我要物归其主，为了众生，我愿您拥有它们，使它们变成福田的吉兆”。离开中部地区后，曲吉卓美来到了亚卓，在那里她受到了卓赤本.南卡坚参的欢迎并在此广传佛法。按照原先她从杂日朝圣结束后返回中部时在幻影中所出现的两位使者的启示，在此立脚驻锡。当她为驻锡地开光的时候，亲眼目睹了众空行母行云般地聚居于此，并与那位神幻人一道渗入于磐石之中。

桑顶.多吉帕姆.曲吉卓美以长达一个月的隆重“花露药丸炼丹”仪轨，迎接萨迦派的帝师。僧众们手捧名贵的香药、香丸向桑顶.多吉帕姆.曲吉卓美奉献。整座桑顶寺殿充斥着浓白朦胧的药烟香气。这种仪轨是香巴噶举女活佛一生只能够进行一次的仪轨。经过祝福的丹药可使人起死回生。

八思巴在桑顶寺盘桓数月，然后他去往雍布多寺、特灵曲得寺等寺院朝拜。

在雍布多寺，八思巴朝拜了密室中供奉的佛经。“雍布拉康”，位置在泽当镇不远处扎西次日山上。“雍布”意为“母鹿”，因扎西次日山形似母鹿而得名，“拉康”意为“神殿”。松赞干布时由宫殿改作寺庙。到第二十八代赞普拉妥妥日聂赞当政时，于水蛇年“雍布拉康王宫的宫顶上面，从空中降下来《百拜补证忏悔经》、《积达嘛呢法门》、《佛说大乘庄严宝王经心要六字真言》、金塔等。又从空中发出声音说：‘再传五代，将会知道这些经义’”。虔诚的信徒将这些还不能解读的经文藏入名为“宁波桑哇”的一间密室中。直到多年以后，终于有人能解读这些珍贵的经文，方才悟出佛典在很久以前就被降示给吐蕃特的人民。

在从特灵曲得寺拜访中返回的路上，八思巴和侍从们又一次的路过蓝宝石样澄清见底的羊卓雍错湖。“羊卓雍错”即“碧玉”之意。又因它汊口象珊瑚枝一般散开，所以又被称为“上面的珊瑚湖”。它与玛旁雍错和纳木错，并列三大圣湖。

他们抵达圣湖的那一日，正是初冬。大批的水生候鸟迁徙至此越冬。在湖岸与湖中十几个小岛上，天鹅、水鸽、黄鸭、鱼鹰以及斑头雁等鸣叫声起伏，拍打着翅膀起起落落。湖畔有虔诚礼佛的信徒按照顺时针方向转湖，每行一步，即叩一等身长头并口颂一遍六字大明陀罗尼。

八思巴抬眼望向天际，只见天空水虚、苍茫无涯，不知尽头何在。他又低头附身看那湖水，水质晶莹透明如七宝琉璃，在天空的映衬下湛蓝澄澈清冽无比。朵朵白云倒映在平静无波的大湖中，湖面宛如镜子反射一切自身却纹丝不动。